CPU 負荷が低く、バッファサイズもそれほど詰めていないのに JACK で xrun が発生する現象にずっと前から悩まされていたが、 kernel コマンドラインに threadirqs を追加したらあっさり解決した。
adjusting_audio_latency [Mixxx Wiki]
IrqPriorities - FFADO - Trac
オーディオドライバと JACK の RT priority を同じにしておいた方が余計なコンテキストスイッチを少し減らせそうに思えるけれど、カーネルの割り込み処理とか全然分からないので嘘かもしれない。